Während des Ersten Weltkrieges war Werner Peiner an der Westfront eingesetzt. Nach Kriegsende studierte er an der Düsseldorfer Kunstakademie. In den 1920er Jahren arbeitete er im Burghotel in Kronenburg in der Eifel und schloss sich mit Fritz Burmann und Richard Gessner zum „Dreimann-Bund“ zusammen. 1931 siedelte er in das Städtchen über und eröffnete ein Atelier.

1933 wurde er an die Kunstakademie in Düsseldorf als Professor berufen. Zwei Jahre später unternahm er eine Studienreise nach Afrika. Von 1936 bis 1944 leitete er die Hermann-Göring-Meisterschule für Malerei in Kronenburg. Im Jahr 1937 trat er in die NSDAP ein und wurde Mitglied der Preußischen Akademie der Künste. Trotzdem wurde seine Bilder als „entartet“ beschlagnahmt. 1940 wurde er zum Preußischen Staatsrat ernannt und 1944 von Adolf Hitler in die Sonderliste der Gottbegnadeten Künstler aufgenommen.

Nach Kriegsende wurde er interniert und sein gesamter Besitz beschlagnahmt. 1948 erwarb er die Burg „Haus Vorst“ in Leichlingen, wo er bis zu seinem Tod lebte.
Neben Gemälden schuf Peiner auch Gobelins.

Bekannte Werke
• Elisabeth Peiner, 1928
• Morgen am Rhein bei Kaub, 1928
• Deutsche Erde, 1933